Родился в Березовском погосте Бельского уезда Смоленской губернии (ныне д. Береза Мостовского сельского округа Оленинского района Тверской обл.) в семье дьякона. Окончил Бельское духовное училище и Смоленскую духовную семинарию. В числе лучших учеников в 1857 году был рекомендован и поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию, где в 1860 году, узнав, что есть вакансия на должность настоятеля церкви при недавно открытом русском консульстве в городе Хакодатэ (Япония), подал заявку и был избран для этого служения. Тогда же принял постриг. 2 июля 1861 года прибыл в Хакодатэ. Первые годы своего нахождения в Японии о. Николай самостоятельно изучал японский язык, культуру и быт японцев и занимался организационными вопросами для открытия подворья Русской Православной Церкви. Первым японцем, обращённым в христианство о. Николаем в 1868 году, стал синтоистский священнослужитель Такума Савабэ, бывший
самурай, пришедший в дом к о. Николаю, чтобы убить его, так как считал, что христианство — средство, используемое другими государствами для захвата Японии. Но Святитель остановил его, сказав, что нельзя судить о каком-либо предмете, не зная его. Это высказывание заинтриговало синтоиста. Впоследствии он часто беседовал с о. Николаем, с величайшей любознательностью впитывал в себя неведомое для себя учение, а затем принял Православие и, в конце концов, стал священником. К 1870 году Православная община насчитывала свыше 4 000 человек, а к 1912 году — около 33 тысяч человек и 266 Православных общин. В 1870 году по ходатайству о. Николая, возведенного в сан архимандрита, была открыта русская духовная миссия с центром в Токио в ведении Камчатской епархии. В 1880 году о. Николай возведен в сан епископа Ревельского, викария Рижской епархии. В процессе миссионерской деятельности о. Николай перевел на японский язык Священное Писание, другие богослужебные книги, создал духовную семинарию, начальные школы для девочек и мальчиков, библиотеку, приют и другие учреждения. Издавал Православный журнал «Церковный вестник» на японском языке. 8 марта 1891 года был освящен кафедральный Воскресенский собор (называемый японцами Николай-до). Во время русско-японской войны остался со своей паствой в Японии, однако, в общественных богослужениях участия не принимал, так как, согласно чинопоследованию богослужений (и благословению самого Св. Николая Японского), японские христиане молились о победе своей страны над Россией: «Сегодня по обычаю я служу в соборе, но отныне впредь я уже не буду принимать участия в общественных Богослужениях нашей церкви… Доселе я молился за процветание и мир Японской империи. Ныне же, раз война объявлена между Японией и моей Родиной, я, как русский подданный, не могу молиться за победу Японии над моим собственным Отечеством. Я также имею обязательства к своей Родине и именно поэтому буду счастлив видеть, что вы исполняете долг в отношении к своей стране.» Когда в Японию стали прибывать русские пленные (общее их число достигало 73 тысяч), епископ Николай с согласия японского правительства образовал Общество духовного утешения военнопленных. Для окормления пленных им были отобраны пять священников, владевших русским языком. Пленные снабжались иконами и книгами. Сам владыка неоднократно обращался к ним письменно (самого Николая к пленным не пускали). 24 марта 1906 года Святейший Синод возвел его в сан архиепископа Японского. В том же году было основано Киотское викариатство. После кончины архиепископа Николая японский император Мэйдзи лично дал разрешение на захоронение его останков в пределах города. Уникальность личности Святителя Николая состоит в том, что он один смог основать в далекой от Родины стране, среди носителей иного языка и культуры отдельную Поместную Церковь, основать там, где за принятие христианства по закону полагалась смертная казнь!
